Ministerstyre är en term som innebär att en minister i vissa länder har rätt att detaljstyra den del av förvaltningen som lyder under ministern, ungefär som en verkställande direktör i ett företag. När ministerstyre råder är ministern den som har det yttersta ansvaret för alla beslut och handlingar som företas inom sitt departement eller ministerium (ministerförvaltning) inför den lagstiftande församlingen, regeringschefen eller statschefen; till exempel kan en minister gå in i enskilda ärenden, åsidosätta underlydande tjänstemän och fatta slutgiltiga beslut.
I de flesta länder, till exempel Danmark, Norge, Storbritannien och USA råder ministerstyre som norm. Finland och Sverige har dock regler som förhindrar ministerstyre i enskilda ärenden. Begreppet används i Sverige i inhemskt sammanhang som en negativ term såsom en anklagelse om politisk misskötsel när den riktas mot svenska ministrar.
I de flesta rättsstater finns förbud mot ministrar att direkt styra domstolars utslag. De länder som tillåter detta brukar vara diktaturer, och även där görs sådant ofta bakom kulisserna. Det finns exempel när diktaturer skickar motståndare i fängelse för påhittade brott eller genom retroaktiv lagstiftning.